Кровопролитная война шиноби закончилась победой альянса шиноби. Команде номер семь удалось победить Кагую, и даже запечатать ее. Все, кто был призван эдо тенсей - обрели покой. И вроде-бы война кончилась, но сын Кагуи куда-то исчез. Началась волна похорон тех, кто погиб во время войны. Изрядно поредевшие шиноби целый год отдавали почести павшим товарищам, но, время идет, залечивая старые раны. Деревни были отстроены заново, шиноби завели семьи и установился мир. Войн не было, лишь редкие нападения бандитов, которые с лихвой устранялись опытными ниндзя.
Проблемы начались, когда на одном из собраний дайме решили, что содержать деревни шиноби стало убыточно. В мирное время никому не нужна армия профессиональных убийц, да и гораздо проще, в случае чего, заплатить наемникам. Каге были шокированы, мир шиноби медленно покатился в яму хаоса.
Под сильным давлением Мэй Теруми оставила пост Мизукаге и вместе с семьей и несколькими верными ей людьми перебралась в Суну. В Киригакуре к власти приходит человек, который решает возродить кровавый туман. С ним приходят его сторонники, которым достаются места семи мечников тумана. Но поскольку старые мечи достались другим странам, как трофеи войны, этим люди стали мечниками нового поколения - с новыми навыками и оружием.
Втайне Киригакуре наращивает военную мощь за счет захваченных деревень и лояльных людских поселений. В то время как остальные деревни борются за свое существование, страна воды превратилась в одну из сильнейших военных сил, независимую от дайме. Их цели неизвестны, однако на Узумаки Наруто, заместителя хокаге, было совершено несколько неудачных покушений неизвестными шиноби. Конохагакуре ведет расследование. Тем временем неизвестные убивают Китсучи и на место Тсучикаге садится Куротсучи, первым указом объявляющая военное положение в стране. Какаши Хатаке добивается саммита пяти каге, где Мизукаге неожиданно нападает на остальных Каге. Им удается отбить атаку, а Киригакуре объявлена война. Но сказать проще, чем сделать. Новое поколение шиноби особо не отрабатывало навыков, некоторые даже скатились до бандитизма и это далеко не все ужасы, с которым придется бороться сильнейшим ниндзя в мире.
Тем временем археологи в стране песка обнаруживают древнюю постройку, в которой находят легендарный колодец душ. Согласно легенде, в колодце можно выменять жизнь давно умершего человека или же получить огромную силу ценой другой жизни. Но, как активировать его – тайна. Казекаге усиливает защиту колодца и сообщает об этом каге союзных деревень. Разумеется, об этом прознал и Мизукаге и сейчас готовит свои войска к захвату древнего артефакта.